MICROARRAY AND GENE EXPRESSION ANALYSIS
Autori:
Lovro Lamot, Mandica Vidović, Marija Perica, Lana Tambić Bukovac, Miroslav Harjaček
Sažetak
Analiza genskog izražaja s pomoću sitnopolja visokopropusna je metoda u kojoj je mnoštvo molekula DNA različite duljine pričvršćeno za čvrstu podlogu u točno određenim točkama i s pomoću njih se otkriva prisutnost odgovarajućih označenih molekula RNA koje se izoliraju iz ispitivanih bioloških uzoraka. Temeljni princip na kojem počiva sitnopolje jest sparivanje komplementarnih nukleotida (A-T i C-G), što dovodi do stvaranja nukleinskih kiselina s dvostrukom uzvojnicom. Razlike u genskom izražaju između dvije skupine uzoraka otkrivaju se i kvantificiraju usporedbom vrijednosti intenziteta signala točaka na skupinama pločica na kojima se ispitivani uzorci hibridiziraju. Za sistematsku analizu rezultata dobivenih mjerenjem genskog izražaja na sitnopolju rabi se analiza grupa i analiza obilježja te analiza mreža i putova. Usporedbom izražaja svih gena u različitim stanicama iste jedinke ili u istim stanicama različitih jedinki može se dobiti uvid u mehanizme odgovorne za razvoj nekog stanja ili bolesti.
Summary
Microarray gene expression analysis is high-throughput method in which many different sized DNA molecules are attached to solid surface in designated spots. These molecules are used for the discovery of specific RNA molecules isolated from various biological samples of interest. Core principle of this method is hybridization of complementary nucleotides (A-T and G-C), which leads to creation of double stranded nucleic acids. Gene expression differences in two groups of samples are discovered and quantificated by comparison of signal intensity values in microarray spots. Systemic analysis of data gathered in microarray gene expression measurement is performed by various bioinformatic methods such as group analysis, annotation analysis as well as network and pathway analysis. Expression comparison of all genes in different cells of the same individual or same cells of different individuals provides an insight into the mechanism responsible for development of a certain condition or disease.
